Vid Försvarshögskolan finns tre olika institutioner, med olika inriktningar vad gäller forskning och utbildning. Dessa tre har i sin tur underavdelningar med ytterligare specialiserade inriktningar.
• Folkrättscentrum
• Institutet för högre totalförsvarsutbildning (IHT)
• Statsvetenskapliga avdelningen
• Strategiavdelningen
Militärvetenskapliga institutionen
• Krigsvetenskapliga avdelningen
• Ledningsvetenskapliga avdelningen
• Militärhistoriska avdelningen
• Militärtekniska avdelningen